Pierwszy obiekt sakralny w miejscu dzisiejszego kościoła św. Katarzyny mógł powstać, jak przypuszcza znawca historii Gdańska Andrzej Januszajtis, już w 997 roku i mieć związek z początkami chrześcijaństwa na ziemiach polskich i działalnością św. Wojciecha. Podbudową tej hipotezy jest odkrycie profesora Andrzeja Zbierskiego, który w 1986 roku odkrył miejsce pochówku z X wieku, gdzie szkielety zostały umieszczone w trumnach sporządzonych z wydłubanych pni drzew.Drugi kościół w tym samym miejscu miał powstać, jak głosi tradycja, w 1185 roku przez Namiestnika Pomorza Gdańskiego, księcia Subisława. Natomiast Willi Drost, specjalizujący się w problematyce dotyczącej przeszłości kościoła św. Katarzyny zakłada, że świątynia powstała w latach 1230-1240 jako bazylika, z nawą główną wyższą niż boczne i zaopatrzoną w okna powyżej dachów bocznych naw.