Pierwsze plany ufundowania kościoła w podwarszawskiej jurydyce Grzybów zrodziły się w XVII wieku, za panowania króla Michała Korybuta Wiśniowieckiego. Jednak dopiero w XIX wieku, gdy gwałtownie wzrosła liczba mieszkańców miasta, przystąpiono do ich realizacji. Pierwsza ważna data w historii świątyni to 7.07.1856. Tego dnia Gabryjela hrabina Zabiełło podpisała akt darowizny swojej rodowej posiadłości w Grzybowie na rzecz Zgromadzenia Księży Misjonarzy. Ponadto, by można było niezwłocznie rozpocząć budowę, hrabina przeznaczyła też na budowę kwotę 12.000 rubli.

Ofiarodawczyni podkreślała potrzebę budowy monumentalnej świątyni. Środki i czas nie stanowiły ograniczenia. Poparcie szerokiej komisji, Księży Misjonarzy oraz środowiska architektów zyskał projekt Henryka Marconiego, pochodzącego z rodziny włoskich artystów jednego z najwybitniejszych architektów Warszawy tamtych czasów.

Warto wspomnieć, iż neorenesansowa architektura nawiązuje do Kościoła Świętej Justyny we włoskiej Padwie.

Plac budowy przygotowano w 1860 roku, by rok później rozpocząć prace. Choć Kościół został konsekrowany już w 1883 roku, budowę zakończono dopiero dziesięć lat później.