Początki dziejów bazyliki archikatedralnej pod wezwaniem Męczeństwa Świętego Jana Chrzciciela. Hipotezy badaczy wskazują różne daty w ciągu XIII wieku - przyporządkowane decyzjom panujących tutaj książąt z rodu Piastów mazowieckich, związanych lennem z Polską Koroną.
Pierwsza data dotycząca Katedry Warszawskiej konkretna i upamiętniona w dokumentach to rok 1339. Ówczesny warszawski kościół parafialny p.w. Ścięcia Św. Jana Chrzciciela stał się wtedy miejscem sprawowanego przez delegatów papieża Benedykta XII sądu, którego wyrok nakazał Krzyżakom oddać Polsce zrabowane ziemie i zapłacić odszkodowania.
Decyzją papieża Bonifacego IX warszawski kościół parafialny został podniesiony w latach 1398-1406 do godności kolegiaty. Stało się to dzięki staraniom biskupa Wojciecha Jastrzębca i księcia Janusza Starszego z rodu Piastów, który Warszawę uczynił stolicą swego księstwa i tu zbudował wielką murowaną świątynię.
Po śmierci ostatnich Piastów mazowieckich (których nagrobek znajduje się w Archikatedrze) Mazowsze włączono w roku 1526 do Korony Polskiej. Niedługo potem Jerzy Baryczka umieścił w kolegiacie krucyfiks cudownego Pana Jezusa.
Kolegiata św. Jana Chrzciciela nabierała coraz większego znaczenia. Pod koniec XVI wieku stała się jednym z najważniejszych kościołów Rzeczypospolitej Polskiej. Związana z Zamkiem Królewskim w Warszawie, była świadkiem wielu historycznych wydarzeń.
W XVII wieku gotycka świątynia została przebudowana w duchu baroku. Był to wówczas jeden z najbogatszych kościołów Polski, którego wnętrze wypełniały dzieła sztuki powstałe dzięki mecenatowi królów, szlachty i patrycjatu miejskiego. Ołtarz główny został ufundowany przez króla Zygmunta III Wazę w latach 1611-1618. Stalle, które ufundował Jan III Sobieski, przypominały zwycięską odsiecz wiedeńską w 1683 roku.
Wśród wielu znaczących chwil w dziejach świątyni wymienia się koronację króla Stanisława Leszczyńskiego w roku 1705 i koronację króla Stanisława Augusta Poniatowskiego w roku 1764. Szczególne jednak znaczenie miał fakt zaprzysiężenia tutaj Konstytucji 3 Maja w 1791 roku. Ta pierwsza w Europie, druga po Stanach Zjednoczonych Ameryki, ustawa zasadnicza stała się oparciem dla ducha narodu
w ciężkim okresie rozbiorów.
W roku 1798 świątynia została podniesiona do godności katedry, a w 1817 do godności archikatedry.
W pierwszej połowie XIX w. Adam Idźkowski przebudował archikatedrę w stylu neogotyku angielskiego. Ten kształt architektoniczny - utrwalony w wielu rysunkach, obrazach i fotografiach, stanowiący tło różnych wydarzeń związanych z radosnym okresem odzyskania niepodległości - przetrwał do drugiej wojny światowej.
